El 15 de noviembre de 2017, a las 7:30 horas, el submarino, con 44 personas a bordo, 43 hombres y una mujer, perdió toda comunicación con tierra, cuando se trasladaba desde la costa sureña de Ushuaia hasta Mar del Plata, a la altura de la ciudad de Comodoro Rivadavia, en la zona del golfo San Jorge, en el Atlántico sur, a unos a 432 kilómetros de la costa.

Según las versiones oficiales, su hundimiento fue consecuencia de una implosión. Dieciocho países colaboraron en la operación de búsqueda y rescate, pero quince días después el gobierno argentino de Mauricio Macri consideró que no había posibilidades de encontrar vivos a los tripulantes y ordenó dar por terminada la búsqueda de sobrevivientes. Al año siguiente, contrató a la empresa privada Ocean Infinity que inició una segunda búsqueda que concluyó al hallarse la nave el 17 de noviembre de 2018, muy cerca del punto de desaparición, a 907 metros de profundidad.

En noviembre de 2020, el contralmirante retirado Luis Enrique López Mazzeo, excomandante de Adiestramiento y Alistamiento de la Armada argentina, quien además es uno de los imputados en la causa por el hundimiento del Ara San Juan, reveló ante la Cámara Federal de Apelaciones de Comodoro Rivadavia que el gobierno argentino habría conocido la ubicación del submarino desaparecido al menos 20 días después de su desaparición. La posición, dijo, la había revelado el buque chileno “Cabo de Hornos”. La información fue ratificada por el capitán en retiro de la Armada chilena, César Miranda, quien era comandante de la nave en noviembre de 2017.

Ocean Infinity la empresa que cobró mas de 7 millones de dólares, cuando comenzó a buscar ya sabia donde estaba el buque hundido, según se desprende de los dichos del Contralmirante Mazzeo y el Capitán chileno Cesar Miranda. Un negociado mas del macrismo, una burla a la memoria de los fallecidos. Se sigue buscando justicia.-